该研究通过引入一系列新方法处理长读长测序，构建了针对三代测序（TGS）数据的水稻泛基因组构建方法。与水稻参考基因组日本晴相比，新方法从105 个栽培稻（OS）构建的泛基因组包含 604 Mb 的新序列，比此前由~3000 个栽培稻品种二代测序数据（SGS）构建的泛基因组（~270Mb新序列）更全面。其中，重复序列是新序列的主要组成部分。加上6个野生稻（OR）品种，水稻泛基因组比现有参考基因组多879 Mb新序列和19,000个新基因。此外，该研究还为所有代表性水稻群体创建了9个高质量的参考基因组，包括 5 个无间隙参考基因组。
该研究工作是由上海交通大学韦朝春教授课题组和中国农业科学院作物科学研究所徐建龙研究员课题组合作完成。中国农业科学院作物科学研究所张帆副研究员和上海交通大学生命科学技术学院博士生薛泓嶂为共同第一作者，中国农业科学院作物科学研究所王文生研究员、徐建龙研究员和上海交通大学韦朝春教授为共同通讯作者。中国农业科学院作物科学研究所黎志康研究员设计并参与了该项研究。
生命科学技术学院 生命科学技术学院